Согласно пункту 1 статьи 78 Бюджетного кодекса Российской Федерации субсидии юридическим лицам (за исключением субсидий государственным (муниципальным) учреждениям), индивидуальным предпринимателям, физическим лицам - производителям товаров, работ, услуг предоставляются на безвозмездной и безвозвратной основе в целях возмещения затрат или недополученных доходов в связи с производством (реализацией) товаров, выполнением работ, оказанием услуг.
При формировании налоговой базы по налогу на прибыль организаций учитываются доходы в соответствии со статьей 249 главы 25 «Налог на прибыль организаций» Налогового кодекса Российской Федерации (далее – НК РФ), и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 НК РФ.
Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций, определены в статье 251 НК РФ. Субсидии, полученные коммерческими организациями в данном перечне не поименованы, в связи с чем учитываются в целях налогообложения прибыли в общеустановленном порядке. При этом данные субсидии не подлежат отдельному учету.
Расходы, произведенные за счет целевых поступлений, включаются в состав расходов при определении налогооблагаемой базы по налогу на прибыль организаций. Сумма перечисленного в доход бюджета остатка неиспользованных субсидий должна быть учтена в составе внереализационных расходов отчетного (налогового) периода, в котором произведено указанное перечисление.
Позицию Министерства финансов Российской Федерации по данному вопросу отражает письмо от 16.05.2014 № 03-03-10/23121.